Фильм рассказывает предысторию событий игры — столкновение экипажа горнодобывающего космического корабля «Ишимура» с внеземной формой жизни — «некроморфами».
Космический корабль «Ишимура» прибывает в окрестности планеты Эгида-7. В колонии на поверхности планеты был обнаружен артефакт инопланетного происхождения, известный под названием «Красный Обелиск». По приказу капитана «Ишимуры» Матиуса и начальника научного отдела доктора Кейна артефакт перед началом разработки планеты перевозят на борт корабля. В колонии и на борту корабля начинаются странные беспорядки, склоки, убийства, самоубийства; дело осложняется тем, что артефакт является священным для членов религиозного учения «юнитологии», к которому принадлежат многие шахтёры и члены экипажа.
«Ишимура» занимается своей основной функцией — «разделкой» планеты; находящиеся в колонии установки вырезают из литосферы планеты большой кусок весом в несколько триллионов тонн, и корабль поднимает его на «гравитационных нитях». В это время пропадает связь с колонией, и два шахтёра, у одного из которых в колонии осталась жена, отправляются на шаттле на поверхность планеты. Они нигде не могут никого обнаружить, а стены колонии во многих местах покрывает органическое вещество непонятного происхождения; один из шахтёров отправляется к своей жене, второй пропадает — едва в коридоре на мгновение гаснет свет, он исчезает. По пути в квартиру своей жены первый шахтёр слышит в темноте некроморфов и пускается бежать к квартире что есть мочи. Но, придя в квартиру своей жены, он обнаруживает полный разгром и бардак. Тут на свет выходит жена шахтёра и на его глазах кончает жизнь самоубийством, перерезав себе горло чем-то вроде плазменной кирки. Шахтёр хватает тело жены и мчится через пустую колонию на борт шаттла и взлетает; однако вместе с ним на шаттл успевает проникнуть некроморф-«инфектор».